Trijų Kryžių kalnas atmintinas tuo, kad čia kankinių mirtimi mirė septyni pranciškonai, kuriuos pagonys, didžiajam kunigaikščiui Algirdui nesant mieste, pririšo prie kryžių ir nuo šio kalno numetė upėn sakydami: „Plaukite sau su tuo stabu, kurį liepiate garbinti“. Nuo tada kalnas gavo Trijų Kryžių vardą, nes šiam įvykiui atminti buvo pastatyti trys kryžiai, kurie iki šiol vis atnaujinami.

Tačiau mokslininkas Ignas Danilevičius rašo, kad šie kryžiai, daugelio miestų pavyzdžiu, pastatyti Magdeburgo teisių suteikimo Vilniui proga[1].

Pirmojo pasaulinio karo metu Vilniaus šviesuomenės iniciatyva, Rusijos valdžiai draudžiant, paminklui surinkti pinigai. 1916 m. liepos – rugpjūčio mėnesiais padaryti klojiniai, išlietas paminklas ir atlikta jo apdaila. 1950 m. gegužės 30 d. sovietinės valdžios įsakymu paminklas susprogdintas.