Dvaras įkurtas XVI amžiuje, kai Pilaitė atiteko Viršilų giminei. 1827 metais Pilaitę nupirko Vilniaus universitetas. Universiteto žemės ūkio katedros vedėjo Mykolo Očapovskio prašymu čia buvo įsteigtas pavyzdinis ūkis, ir pirmoji Lietuvoje agronomijos mokykla. Dvaro sodybos kompleksą sudaro pagrindiniai rūmai, senųjų rūmų vieta, oficina, kumetynas, vandens malūnas, vartų stulpai. Šalia stūkso Pilaitės piliakalnis, telkšo tvenkinys.