Pirmoji medinė bažnyčia Prienuose pastatyta 1609 m., deja, 1655 m. per karą ji sudegė. 1674 m. pastatyta antroji bažnyčia, o 1750 m. iš pušies rastų suręsta dabartinė. Tai buvo 54 uolekčių (lietuviškas ilgio matavimo vienetas, atitinkantis atstumą nuo alkūnės įlinkio iki pirštų galų, maždaug 60–65,54 cm) ilgio ir 24 uolekčių pločio medinis pastatas su dviem koplyčiomis bei dviem kvadratinėmis zakristijomis. XIX a. pab.–XX a. bažnyčia daug kartų remontuota: perdažomas bažnyčios vidus ir išorė, pakeista stogo danga ir grindys. 1986 m. dailininkas A. Jusevičius atnaujino bažnyčios altorius. 1987–1988 m. dailininkas E. Žilys paauksavo didįjį altorių. Bažnyčią supa netaisyklingos formos šventorius, kurio rytinėje dalyje yra mūrinė koplyčia. Prienų bažnyčia yra vienas seniausių ir gražiausių sakralinių pastatų Vilkaviškio vyskupijoje ir yra viena seniausių medinių bažnyčių visoje Lietuvoje.